Genel Sekreterlik, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ve 124 sayılı Kanun Hükmünde Kararnameye göre kurulmuş bir yönetim örgütüdür.

Rektöre karşı sorumlu olarak çalışan Genel Sekreterlik, üniversiteyle ilgili her türlü destek hizmeti ile idari nitelikteki iş ve işlemleri yürütür.

Genel Sekreterlik ilgili kanunlarda tanımlanan görevlerini yine aynı mevzuat ile kurulmuş Daire Başkanlıkları ve diğer birimler aracılığıyla yerine getirir.

Kırıkkale Üniversitesi Genel Sekreterliği' nin yönetsel örgüt şemasında şu birimler bulunmaktadır.

Daire Başkanlıkları
- Personel Daire Başkanlığı
- Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
- İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı
- Yapı İşleri ve Teknik Daire Başkanlığı
- Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı
- Bilgi İşlem Daire Başkanlığı
- Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı
- Sağlık, Kültür ve Spor Daire Başkanlığı